pysimm
pysimm package
pysimm
Docs
»
Index
Index
A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
F
|
G
|
H
|
I
|
K
|
L
|
M
|
N
|
O
|
P
|
Q
|
R
|
S
|
T
|
U
|
V
|
W
|
X
|
Y
|
Z
A
a (pysimm.system.Angle attribute)
(pysimm.system.Bond attribute)
(pysimm.system.Dihedral attribute)
(pysimm.system.Improper attribute)
add() (pysimm.lmps.Simulation method)
(pysimm.system.System method)
(pysimm.utils.ItemContainer method)
add_angle() (pysimm.system.System method)
add_bond() (pysimm.system.System method)
add_custom() (pysimm.lmps.Simulation method)
add_dihedral() (pysimm.system.System method)
add_gcmc() (pysimm.cassandra.Cassandra method)
add_improper() (pysimm.system.System method)
add_md() (pysimm.lmps.Simulation method)
add_min() (pysimm.lmps.Simulation method)
add_npt_mc() (pysimm.cassandra.Cassandra method)
add_nvt() (pysimm.cassandra.Cassandra method)
add_particle() (pysimm.system.System method)
add_particle_bonded_to() (pysimm.system.System method)
add_particle_bonding() (pysimm.system.System method)
add_qeq() (pysimm.lmps.Simulation method)
add_simulation() (pysimm.cassandra.Cassandra method)
Angle (class in pysimm.system)
angle() (in module pysimm.calc)
(pysimm.system.Angle method)
angle_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)
(pysimm.lmps.Init attribute)
angle_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)
(pysimm.system.System attribute)
angles (pysimm.system.System attribute)
AngleType (class in pysimm.system)
apply_charges() (pysimm.system.System method)
apply_forcefield() (pysimm.system.System method)
apt_install() (in module complete_install)
apt_update() (in module complete_install)
assign_atypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)
assign_btypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)
assign_charges() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)
assign_dtypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)
assign_itypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)
assign_ptypes() (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding method)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff method)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 method)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff method)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p method)
atom_style (pysimm.lmps.Init attribute)
B
b (pysimm.system.Angle attribute)
(pysimm.system.Bond attribute)
(pysimm.system.Dihedral attribute)
(pysimm.system.Improper attribute)
Bond (class in pysimm.system)
bond_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)
(pysimm.lmps.Init attribute)
bond_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)
(pysimm.system.System attribute)
bonds (pysimm.system.System attribute)
BondType (class in pysimm.system)
buckingham() (in module pysimm.calc)
C
c (pysimm.system.Angle attribute)
(pysimm.system.Dihedral attribute)
(pysimm.system.Improper attribute)
calc_charges() (in module pysimm.amber)
call_lammps() (in module pysimm.lmps)
Cassandra (class in pysimm.cassandra)
center() (pysimm.system.System method)
center_at_origin() (pysimm.system.System method)
center_system() (pysimm.system.System method)
charge (pysimm.lmps.Init attribute)
(pysimm.system.Particle attribute)
check() (pysimm.system.Dimension method)
(pysimm.system.Particle method)
check_cs_exec() (in module pysimm.cassandra)
check_forcefield() (pysimm.system.System method)
check_items() (pysimm.system.System method)
check_lmps_attr() (in module pysimm.lmps)
check_lmps_exec() (in module pysimm.lmps)
chem_pot (pysimm.cassandra.McSystem attribute)
chiral_angle() (in module pysimm.calc)
class2_angle() (in module pysimm.calc)
class2_bond() (in module pysimm.calc)
class2_dihedral() (in module pysimm.calc)
cleanup_antechamber() (in module pysimm.amber)
compare() (in module pysimm.system)
(in module pysimm.utils)
complete_install (module)
consolidate_types() (pysimm.system.System method)
Container (class in pysimm.utils)
coords() (pysimm.system.Particle method)
copolymer() (in module pysimm.apps.random_walk)
copy() (pysimm.system.System method)
(pysimm.utils.Item method)
CreateBox (class in pysimm.lmps)
custom (pysimm.lmps.Simulation attribute)
custom_input (pysimm.lmps.CustomInput attribute)
CustomInput (class in pysimm.lmps)
cutoff (pysimm.lmps.Init attribute)
(pysimm.lmps.Qeq attribute)
cvff_improper() (in module pysimm.calc)
D
d (pysimm.system.Dihedral attribute)
(pysimm.system.DihedralType attribute)
(pysimm.system.Improper attribute)
data (pysimm.lmps.LogFile attribute)
debug (pysimm.lmps.Simulation attribute)
debug_print() (in module pysimm)
delete_bonding() (pysimm.system.Particle method)
Dihedral (class in pysimm.system)
dihedral() (in module pysimm.calc)
dihedral_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)
(pysimm.lmps.Init attribute)
dihedral_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)
(pysimm.system.System attribute)
dihedrals (pysimm.system.System attribute)
DihedralType (class in pysimm.system)
dim (pysimm.system.System attribute)
Dimension (class in pysimm.system)
distance() (in module pysimm.calc)
(pysimm.system.Bond method)
(pysimm.system.System method)
distance_to_origin() (in module pysimm.system)
dmax (pysimm.lmps.Minimization attribute)
Dreiding (class in pysimm.forcefield.dreiding)
dump (pysimm.lmps.OutputSettings attribute)
dx (pysimm.system.Dimension attribute)
,
[1]
dy (pysimm.system.Dimension attribute)
,
[1]
dz (pysimm.system.Dimension attribute)
,
[1]
E
elem (pysimm.system.ParticleType attribute)
empty_line (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)
energy() (in module pysimm.lmps)
enqueue_output() (in module pysimm.lmps)
ensemble (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
epsilon (pysimm.system.ParticleType attribute)
equil() (in module pysimm.apps.equilibrate)
error_print() (in module pysimm)
etol (pysimm.lmps.Minimization attribute)
extra_keywords (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
F
ff_class (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute)
(pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute)
ff_name (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute)
(pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute)
file_ref (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)
find_last_backbone_vector() (in module pysimm.apps.random_walk)
find_rotation() (in module pysimm.calc)
fname (pysimm.lmps.LogFile attribute)
Forcefield (class in pysimm.forcefield.forcefield)
forcefield (pysimm.lmps.Init attribute)
(pysimm.lmps.Simulation attribute)
form() (pysimm.system.AngleType method)
(pysimm.system.BondType method)
(pysimm.system.DihedralType method)
(pysimm.system.ImproperType method)
(pysimm.system.ParticleType method)
fourier_dihedral() (in module pysimm.calc)
frac_free_volume() (in module pysimm.calc)
from_json() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)
from_xml() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)
ftol (pysimm.lmps.Minimization attribute)
G
Gaff (class in pysimm.forcefield.gaff)
Gaff2 (class in pysimm.forcefield.gaff2)
GCMC (class in pysimm.cassandra)
get() (pysimm.utils.ItemContainer method)
get_forcefield_types() (in module pysimm.amber)
get_other_particle() (pysimm.system.Bond method)
get_prp() (pysimm.cassandra.MCSimulation method)
get_types() (in module pysimm.system)
Group (class in pysimm.lmps)
group (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
(pysimm.lmps.Velocity attribute)
group_by_id() (pysimm.cassandra.MCSimulation method)
guess_style() (pysimm.system.AngleType class method)
(pysimm.system.BondType class method)
(pysimm.system.DihedralType class method)
(pysimm.system.ImproperType class method)
(pysimm.system.ParticleType class method)
H
harmonic_angle() (in module pysimm.calc)
harmonic_bond() (in module pysimm.calc)
harmonic_dihedral() (in module pysimm.calc)
harmonic_improper() (in module pysimm.calc)
I
Improper (class in pysimm.system)
improper_style (pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)
(pysimm.lmps.Init attribute)
improper_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)
(pysimm.system.System attribute)
impropers (pysimm.system.System attribute)
ImproperType (class in pysimm.system)
Init (class in pysimm.lmps)
init_sst (pysimm.cassandra.MCSimulation attribute)
InpProbSpec (class in pysimm.cassandra)
InpSpec (class in pysimm.cassandra)
input (pysimm.lmps.Simulation attribute)
install_ambertools() (in module complete_install)
install_lammps() (in module complete_install)
install_openbabel() (in module complete_install)
install_pysimm() (in module complete_install)
intersection() (in module pysimm.calc)
Item (class in pysimm.utils)
ItemContainer (class in pysimm.utils)
K
k (pysimm.system.AngleType attribute)
(pysimm.system.BondType attribute)
(pysimm.system.DihedralType attribute)
(pysimm.system.ImproperType attribute)
kspace_style (pysimm.lmps.Init attribute)
L
limit (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
LJ_12_6() (in module pysimm.calc)
LJ_9_6() (in module pysimm.calc)
lmps_cycle_npt_md() (in module pysimm.apps.polymatic)
lmps_cycle_nvt_md() (in module pysimm.apps.polymatic)
lmps_min() (in module pysimm.apps.polymatic)
lmps_step_md() (in module pysimm.apps.polymatic)
log (pysimm.lmps.Simulation attribute)
LogFile (class in pysimm.lmps)
M
make_iterable() (in module pysimm.cassandra)
make_linker_types() (pysimm.system.System method)
make_new_bonds() (pysimm.system.System method)
make_system() (pysimm.cassandra.McSystem method)
max_iter (pysimm.lmps.Qeq attribute)
maxiter (pysimm.lmps.Minimization attribute)
mc_md() (in module pysimm.apps.mc_md)
mc_sst (pysimm.cassandra.MCSimulation attribute)
mcf_tags (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)
McfWriter (class in pysimm.cassandra)
MCSimulation (class in pysimm.cassandra)
McSystem (class in pysimm.cassandra)
min_style (pysimm.lmps.Minimization attribute)
Minimization (class in pysimm.lmps)
mkdir_p() (in module complete_install)
MolecularDynamics (class in pysimm.lmps)
Molecule (class in pysimm.system)
molecules (pysimm.system.System attribute)
monomer() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe)
(in module pysimm.models.monomers.dreiding.pmma)
(in module pysimm.models.monomers.dreiding.ps)
(in module pysimm.models.monomers.gaff.pe)
(in module pysimm.models.monomers.gaff.pmma)
(in module pysimm.models.monomers.gaff.ps)
(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pe)
(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pmma)
(in module pysimm.models.monomers.gaff2.ps)
N
n (pysimm.lmps.CreateBox attribute)
(pysimm.system.DihedralType attribute)
name (pysimm.lmps.Group attribute)
(pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
(pysimm.lmps.Region attribute)
(pysimm.lmps.Simulation attribute)
(pysimm.system.AngleType attribute)
(pysimm.system.BondType attribute)
(pysimm.system.DihedralType attribute)
(pysimm.system.ImproperType attribute)
(pysimm.system.ParticleType attribute)
nb_mixing (pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)
network() (in module pysimm.apps.zeopp)
NPT (class in pysimm.cassandra)
NVT (class in pysimm.cassandra)
O
objectify() (pysimm.system.System method)
opls_dihedral() (in module pysimm.calc)
OutputSettings (class in pysimm.lmps)
P
pack() (in module pysimm.apps.polymatic)
pair_modify (pysimm.lmps.Init attribute)
pair_style (pysimm.forcefield.dreiding.Dreiding attribute)
(pysimm.forcefield.gaff.Gaff attribute)
(pysimm.forcefield.gaff2.Gaff2 attribute)
(pysimm.forcefield.pcff.Pcff attribute)
(pysimm.forcefield.tip3p.Tip3p attribute)
(pysimm.lmps.Init attribute)
parse_args() (in module complete_install)
parse_lammps() (pysimm.system.AngleType class method)
(pysimm.system.BondType class method)
(pysimm.system.DihedralType class method)
(pysimm.system.ImproperType class method)
(pysimm.system.ParticleType class method)
Particle (class in pysimm.system)
particle_types (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield attribute)
(pysimm.system.System attribute)
particles (pysimm.system.System attribute)
particles_df() (pysimm.system.System method)
ParticleType (class in pysimm.system)
pbc_distance() (in module pysimm.calc)
Pcff (class in pysimm.forcefield.pcff)
polymatic() (in module pysimm.apps.polymatic)
polymer_chain() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe)
(in module pysimm.models.monomers.dreiding.pmma)
(in module pysimm.models.monomers.dreiding.ps)
(in module pysimm.models.monomers.gaff.pe)
(in module pysimm.models.monomers.gaff.pmma)
(in module pysimm.models.monomers.gaff.ps)
(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pe)
(in module pysimm.models.monomers.gaff2.pmma)
(in module pysimm.models.monomers.gaff2.ps)
polymer_system() (in module pysimm.models.monomers.dreiding.pe)
pore() (in module pysimm.apps.poreblazer)
pressure (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
print_to_screen (pysimm.lmps.Simulation attribute)
psd() (in module pysimm.apps.poreblazer)
pysimm (module)
pysimm.amber (module)
pysimm.apps (module)
pysimm.apps.equilibrate (module)
pysimm.apps.mc_md (module)
pysimm.apps.polymatic (module)
pysimm.apps.poreblazer (module)
pysimm.apps.random_walk (module)
pysimm.apps.zeopp (module)
pysimm.calc (module)
pysimm.cassandra (module)
pysimm.cli (module)
pysimm.forcefield (module)
pysimm.forcefield.dreiding (module)
pysimm.forcefield.forcefield (module)
pysimm.forcefield.gaff (module)
pysimm.forcefield.gaff2 (module)
pysimm.forcefield.gasteiger (module)
pysimm.forcefield.pcff (module)
pysimm.forcefield.tip3p (module)
pysimm.lmps (module)
pysimm.models (module)
pysimm.models.monomers (module)
pysimm.models.monomers.dreiding (module)
pysimm.models.monomers.dreiding.pe (module)
pysimm.models.monomers.dreiding.pmma (module)
pysimm.models.monomers.dreiding.ps (module)
pysimm.models.monomers.gaff (module)
pysimm.models.monomers.gaff.pe (module)
pysimm.models.monomers.gaff.pmma (module)
pysimm.models.monomers.gaff.ps (module)
pysimm.models.monomers.gaff2 (module)
pysimm.models.monomers.gaff2.pe (module)
pysimm.models.monomers.gaff2.pmma (module)
pysimm.models.monomers.gaff2.ps (module)
pysimm.system (module)
pysimm.utils (module)
PysimmError
,
[1]
Q
Qeq (class in pysimm.lmps)
qeq() (in module pysimm.lmps)
qfile (pysimm.lmps.Qeq attribute)
quality() (pysimm.system.System method)
quick_md() (in module pysimm.lmps)
quick_min() (in module pysimm.lmps)
R
r0 (pysimm.system.BondType attribute)
random() (in module pysimm.calc)
(in module pysimm.system)
random_walk() (in module pysimm.apps.random_walk)
read_ac() (in module pysimm.system)
read_chemdoodle_json() (in module pysimm.system)
read_cml() (in module pysimm.system)
read_data (pysimm.lmps.Init attribute)
read_input() (pysimm.cassandra.Cassandra method)
read_lammps() (in module pysimm.system)
read_lammps_dump() (pysimm.system.System method)
read_lammpstrj() (pysimm.system.System method)
read_mol() (in module pysimm.system)
read_pdb() (in module pysimm.system)
read_prepc() (in module pysimm.system)
read_pubchem_cid() (in module pysimm.system)
read_pubchem_smiles() (in module pysimm.system)
read_type_names() (pysimm.system.System method)
read_xyz() (in module pysimm.system)
(pysimm.system.System method)
read_yaml() (in module pysimm.system)
Region (class in pysimm.lmps)
region (pysimm.lmps.CreateBox attribute)
remove() (pysimm.utils.ItemContainer method)
remove_linker_types() (pysimm.system.System method)
remove_spare_bonding() (pysimm.system.System method)
replicate() (in module pysimm.system)
rigid (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
rotate() (pysimm.system.System method)
rotate_vector() (in module pysimm.calc)
run (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
run() (in module pysimm.apps.polymatic)
(pysimm.cassandra.Cassandra method)
(pysimm.lmps.Simulation method)
S
set() (pysimm.utils.Item method)
set_atomic_numbers() (pysimm.system.System method)
set_box() (pysimm.system.System method)
set_charge() (pysimm.system.System method)
set_charges() (in module pysimm.forcefield.gasteiger)
set_cog() (pysimm.system.System method)
set_density() (pysimm.system.System method)
set_excluded_particles() (pysimm.system.System method)
set_frac_free_volume() (pysimm.system.System method)
set_mass() (pysimm.system.System method)
set_mm_dist() (pysimm.system.System method)
set_references() (pysimm.system.System method)
set_velocity() (pysimm.system.System method)
set_volume() (pysimm.system.System method)
shift_particles() (pysimm.system.System method)
shift_to_origin() (pysimm.system.System method)
sigma (pysimm.system.ParticleType attribute)
Simulation (class in pysimm.lmps)
size() (pysimm.system.Dimension method)
special_bonds (pysimm.lmps.Init attribute)
sst (pysimm.cassandra.McSystem attribute)
SteeredMolecularDynamics (class in pysimm.lmps)
style (pysimm.lmps.Group attribute)
(pysimm.lmps.Region attribute)
(pysimm.lmps.Velocity attribute)
surface() (in module pysimm.apps.poreblazer)
syst (pysimm.cassandra.McfWriter attribute)
System (class in pysimm.system)
T
tacticity() (in module pysimm.calc)
temperature (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
thermo (pysimm.lmps.OutputSettings attribute)
theta0 (pysimm.system.AngleType attribute)
timestep (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
Tip3p (class in pysimm.forcefield.tip3p)
to_string() (pysimm.cassandra.InpProbSpec method)
(pysimm.cassandra.InpSpec method)
tol (pysimm.lmps.Qeq attribute)
translate() (pysimm.system.Dimension method)
(pysimm.system.Particle method)
type (pysimm.system.Angle attribute)
(pysimm.system.Bond attribute)
(pysimm.system.Dihedral attribute)
(pysimm.system.Improper attribute)
(pysimm.system.Particle attribute)
U
umbrella_improper() (in module pysimm.calc)
unfix (pysimm.lmps.MolecularDynamics attribute)
unite_atoms() (pysimm.system.System method)
units (pysimm.lmps.Init attribute)
unwrap() (pysimm.system.System method)
unwrap_gas() (pysimm.cassandra.Cassandra method)
upd_simulation() (pysimm.cassandra.MCSimulation method)
update_ff_types_from_ac() (pysimm.system.System method)
update_frag_record() (pysimm.cassandra.McSystem method)
update_particle_types_from_forcefield() (pysimm.system.System method)
update_props() (pysimm.cassandra.McSystem method)
update_tags() (pysimm.system.System method)
update_types() (pysimm.system.System method)
V
Velocity (class in pysimm.lmps)
verbose_print() (in module pysimm)
visualize() (pysimm.system.System method)
viz() (pysimm.system.System method)
void() (in module pysimm.apps.poreblazer)
W
warning_print() (in module pysimm)
wrap() (pysimm.system.System method)
write (pysimm.lmps.Simulation attribute)
write() (pysimm.cassandra.McfWriter method)
(pysimm.cassandra.MCSimulation method)
(pysimm.lmps.CreateBox method)
(pysimm.lmps.CustomInput method)
(pysimm.lmps.Group method)
(pysimm.lmps.Init method)
(pysimm.lmps.Minimization method)
(pysimm.lmps.MolecularDynamics method)
(pysimm.lmps.OutputSettings method)
(pysimm.lmps.Qeq method)
(pysimm.lmps.Region method)
(pysimm.lmps.SteeredMolecularDynamics method)
(pysimm.lmps.Velocity method)
write_chemdoodle_json() (pysimm.system.System method)
write_cssr() (pysimm.system.System method)
write_input() (pysimm.lmps.Simulation method)
write_json() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)
write_lammps() (pysimm.system.AngleType method)
(pysimm.system.BondType method)
(pysimm.system.DihedralType method)
(pysimm.system.ImproperType method)
(pysimm.system.ParticleType method)
(pysimm.system.System method)
write_lammps_mol() (pysimm.system.System method)
write_mol() (pysimm.system.System method)
write_pdb() (pysimm.system.System method)
write_xml() (pysimm.forcefield.forcefield.Forcefield method)
write_xyz() (pysimm.system.System method)
write_yaml() (pysimm.system.System method)
X
x (pysimm.system.Particle attribute)
x0 (pysimm.system.ImproperType attribute)
xhi (pysimm.system.Dimension attribute)
xlo (pysimm.system.Dimension attribute)
Y
y (pysimm.system.Particle attribute)
yhi (pysimm.system.Dimension attribute)
ylo (pysimm.system.Dimension attribute)
Z
z (pysimm.system.Particle attribute)
zero_charge() (pysimm.system.System method)
zero_velocity() (pysimm.system.System method)
zhi (pysimm.system.Dimension attribute)
zlo (pysimm.system.Dimension attribute)